La última gran creación de Gunpei Yokoi para Nintendo fue el desafortunado virtual Boy. Un desastre real, se ha formulado la hipótesis de que causó la descarga de Yokoi. En un artículo escrito antes de su trágica muerte, Yokoi ha explicado bien por qué dejó la compañía y el fracaso del Muchacho Virtual no estuvo involucrado.

La consola se ha comercializado en Japón en 21 July 1995, con pocas ventas. Nintendo previó el número de 3 unidades vendidas para su primera temporada de vacaciones, pero un año después del lanzamiento, la producción se suspendió. Yokoi dejó Nintendo en 15 en agosto 1996, menos de un mes antes de su cumpleaños 55esimo. Luego creó su empresa llamada Koto y trabajó en el WonderSwan para Bandai.

En la edición de noviembre de 1996 de la revista japonesa Bungeishunju, que Livedoor tiene recientemente republicado, Yokoi abordó el tema y también discutió su carrera.

Después de más de treinta años, dejé Nintendo. Después de graduarme de la universidad, estuve en Nintendo todo el tiempo trabajando en juguetes pero en 55 años pensé que iba a encontrar un trabajo que me permitiera aún más libertad con mis ideas.

Yokoi estaba listo para una nueva etapa en su larga carrera. Sin embargo, con el reciente desastre de Virtual Boy, el futuro era incierto.

El día antes de que me retirara [de Nintendo], el Nikkei hizo un excelente informe sobre mí ", escribió Yokoi, añadiendo que el documento decía que lo haría para asumir la responsabilidad del fracaso del Virtual Boy. "En realidad, no me resigné a" asumir la responsabilidad del fracaso del Virtual Boy. Por algún tiempo, pensé que, cuando hubiera cumplido los 55 años, hubiera querido independizarme.

Desafortunadamente, la carrera de Yokoi después de Nintendo fue interrumpida cuando murió en un accidente de tráfico en 4 el 1997 de octubre, a la edad de 56.